Crear consulta SQL en PHP a partir de checkbox

Tengo varios checkbox que me forman un array en JS cuando seleccionas, pasandolo a JSON y el metodo post por AJAX lo paso a PHP.

ARCHIVO JS

$(document).ready(function() {

    $('[name="checks[]"]').click(function() {
 
        var arr = $('[name="checks[]"]:checked').map(function(){
            return this.value;
        }).get();
        
        var str = arr.join(',');
        
        var arrJson=JSON.stringify(arr);
        
        $('#str').text(str);

 
        // mediante ajax, enviamos por POST el json en la variable: arrayCheckboxes
        $.post("prueba.php",{arrayCheckboxes:arrJson},function(data) {
            // Mostramos el texto devuelto por el archivo php
            alert(data);


        });
    });
});

En el archivo php convierto ese array de JS a PHP y mediante unos if creo una consulta SQL

ARCHIVO PHP

$arrayRecibido=json_decode($_POST["arrayCheckboxes"], true );
 
$stringQuery = "SELECT ";

$int = 1;
foreach($arrayRecibido as $valor){

    if(count($arrayRecibido) == 1){
        $stringQuery = $stringQuery.$valor;
    }else{
        if ($int>0 and $int <= count($arrayRecibido)){

            if($int < count($arrayRecibido)){
                $stringQuery = $stringQuery.$valor. ",";
            }else{
                $stringQuery = $stringQuery.$valor;
            }

        }
    }
    $int++;
}

$stringQuery = $stringQuery." FROM clientes";

Ahora tengo la consulta SQL en PHP ($stringQuery), el problema es que lo que me retorna el archivo php no lo tengo en PHP en el primer archivo, me lo guarda en la variable data (que hace el alert) pero el metodo post de AJAX me permite recoger lo que me pasa el php pero a una variable js.

Sabeis como puedo recoger unos checkbox seleccionados y con eso hacer una consulta PHP?
POR EJEMPLO SELECCIONO CHECKBOX 1 Y 2, NO EL 3. QUIERO HACER UNA QUERY SQL DE LAS COLUMNAS 1 Y 2.

var arr = $('[name="checks[]"]:checked').map(function(){
            return this.value;
        }).get();

$arrayRecibido=json_decode($_POST["arrayCheckboxes"], true );
$columnas=[]; // Creamos un array para los nombres de columnas 
//$stringQuery = "SELECT "; // No lo usaremos en el "foreach"

//$int = 1; // No le caso
foreach($arrayRecibido as $valor){

    $columnas[]=$valor;

}

$stringQuery =  "SELECT " . implode(", ", $columnas). " FROM clientes";