Agregar un texto a un pom.xml desde Java

Tienes el enfoque equivocado.

Te explico primero el problema: quieres agregar una serie de elementos anidados al XML, contenidos en un string. Para ello estás utilizando utilizando un método que agrega un elemento. Este método, al recibir el texto, lo codifica para evitar conflictos con la estructura del XML en si. Este algoritmo de codificación convierte todos los caracteres que podrían entrar en conflicto utilizando entidades de caracteres.

Por ello, el < es convertido en <, el > en >, etc.

Una posible solución es cargar el contenido del XML que tienes en texto en un documento e importar el contenido de este nuevo documento dentro del elemento <dependencies> de tu documento original.

Primero, para leer el contenido XML de un string, te puedes valer de un StringReader, algo así:

    String listConfi = ""
      + "<dependency>"
      + "  <groupID>oracle</groupID>"
      + "  <artifactId>driver</artifactId>"
      + "  <version>1.4.2_14</version>"
      + "  <scope>system</scope>"
      + "  <systemPath>$(project.basedir)\src\main\webapp\WEB-INF\lib\ojdbc14-10.2.0.5.0.jar</systemPath>"
      + "</dependency>";

    DocumentBuilderFactory textFactory = DocumentBuilderFactory.newInstance();  
    DocumentBuilder textBuilder = textFactory.newDocumentBuilder();    
    Document textDocument = textBuilder.parse(new InputSource(new StringReader(listConfi)));  

Ahora que tenemos cargado el contenido XML en textDocument, puedes obtener el nodo principal e importarlo en el nodo <dependencies>:

    Node dependencies = document.getElementsByTagName("dependencies").item(0);

    Node textRoot = textDocument.getDocumentElement();
    dependencies.appendChild(document.importNode(textRoot, true));

Pasamos true al parámetro deep de importNode para que la importación incluya los atributos y nodos hijos de manera recursiva.

Haciendo algunos cambios adicionales a tu código, luciría algo así:

    //procesamos primero el XML a _importar_
    DocumentBuilderFactory textFactory = DocumentBuilderFactory.newInstance();  
    DocumentBuilder textBuilder = textFactory.newDocumentBuilder();    
    Document textDocument = textBuilder.parse(new InputSource(new StringReader(listConfi.getConfiguracion().toString())));  
    
    //obtenemos y cargamos el XML donde queremos importarlo y buscamos el nodo <dependencies>
    DocumentBuilderFactory documentBuilderFactory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
    DocumentBuilder documentBuilder = documentBuilderFactory.newDocumentBuilder();
    Document pom = documentBuilder.parse("C:\test\SO\375259\pom.xml"); 
    Node dependencies = pom.getElementsByTagName("dependencies").item(0);

    //hacemos la importación
    Node textDocument = textDocument.getDocumentElement();
    dependencies.appendChild(pom.importNode(textDocument, true));

    //finalmente guardamos        
    TransformerFactory transformerFactory = TransformerFactory.newInstance();
    Transformer transformer = transformerFactory.newTransformer();
    DOMSource source = new DOMSource(pom);
    StreamResult result = new StreamResult(new File("C:\test\SO\375259\pomNuevo.xml"));

    transformer.transform(source, result);

Al usar createTextNode, lo que estás haciendo es insertar un texto por lo que los caracteres especiales son codificados a entidades.

Mi sugerencia es que conviertas el texto que quieras insertar y luego insertes ese objeto.

String dependency = "<example />";

try (
    InputStream is = new ByteArrayInputStream(dependency.getBytes())
) {
    // Codigo

    Document newDocument = dBuilder.parse(is);
    NodeList newNodeList = newDocument.getChildNodes();
    for (int i = 0; i < newNodeList.getLength(); i++) {
        Node newNode = doc.importNode(newNodeList.item(i), true);
        dependencies.item(0).appendChild(newNode);
    }

    // Codigo
}