die senkrecht darauf stehende z-Achse aber im Fall der Landfahrzeuge vom Erdmittelpunkt weg zeigt,

You can find "hinzeigen" e.g. in Woxikon. However, the basic verb is "zeigen" and in your sentence it occurs in two extended forms as "wegzeigen" and "hinzeigen" which indicate directions.

wegzeigen von: to point away from

hinzeigen zu: to point towards

Examples can be found here.

So we can write your sentence somewhat clearer:

Die senkrecht darauf stehende z-Achse zeigt im Fall der Landfahrzeuge vom Erdmittelpunkt weg, sie zeigt bei Raum-, Luft- und Wasserfahrzeugen zum Erdmittelpunkt hin.

This sentence is not well thought-out.

ENU- und NED-System gleichen sich darin, dass die xy-Ebene beider parallel zur Erdoberfläche verläuft, die senkrecht darauf stehende z-Achse aber im Fall der Landfahrzeuge vom Erdmittelpunkt weg zeigt, bei Raum-, Luft- und Wasserfahrzeugen dagegen zum Erdmittelpunkt hin.

The two systems are similar in one respect: the xy-plane is parallel to the surface of the earth. However, they differ with regard to the z-axis, which points either up (away from the earth's core) or down (towards the earth's core).

Therefore, having everything be subordinate to the verb gleichen is just wrong; another verb, such as sich unterscheiden, needs to be added.

ENU- und NED-System gleichen sich darin, dass die xy-Ebene beider parallel zur Erdoberfläche verläuft, sie unterscheiden sich aber darin, dass die senkrecht darauf stehende z-Achse im Fall der Landfahrzeuge vom Erdmittelpunkt weg zeigt, während sie (die z-Achse) bei Raum-, Luft- und Wasserfahrzeugen dagegen zum Erdmittelpunkt hin zeigt.

Regarding the status of zum Mittelpunkt hin, weg. Although of course particle verbs such as hinweisen, weglegen exist, there are also instances where hin, weg clearly belong to the prepositional phrase.

Dazu bedient man sich der Schwerkraft, die zum Erdmittelpunkt hin nach dem Fallgesetz zunimmt. 1

Die Sammler sind zur Erdoberfläche hin wasserdurchlässig. 2

Alle Dinge hätten einen natürlichen Drang zum Erdmittelpunkt hin. 3

The meaning is that of a trajectory. In the third example, the prepositional phrase modifies Drang; in the other two, they modify the verb.

For another example of a prepositional phrase being modified by an adverb, see this answer.

German has lots of compound words. To list all possible compound German words in a dictionary would almost be as excessive as listing all possible nominal groups. This just makes no sense, because in German you almost always can build new words by combining some other words. (There are rules and limitations, but if you count every compound word as a distinct word in German, German would have many millions of possible words.)

Depending on the context, some prefixes can be attached to almost every verb you can think of. The prefix »hin-« is one of them:

• Karl und Anna tanzen auf einem Ball. Da entdecken sie einen gemeinsamen Freund am Rand der Tanzfläche. Karl sagt zu Anna: »Komm, lass uns zu Jürgen hintanzen.
• Julia bereitet sich auf einen Kochwettbewerb vor. Marlene zweifelt an den Chancen von Julia. Darauf angesprochen entgegnet Julia: »Ich habe ja noch 4 Monate Zeit, da werde ich jeden Tag kochen und immer besser werden. I werde mich schon noch auf das geforderte Niveau hinkochen.

Here are even more examples for valid verbs with prefixes, that you might not find in any dictionary.

• Im Kindergarten sitzen fast alle Kinder am Tisch und malen Bilder. Nur Anna hockt alleine in einer Ecke. Die Tante geht zu ihr und fragt sie: »Na, möchtest du nicht mit den anderen Kindern mitmalen?
• »Bevor Sie die Figuren aus dem Blech ausschneiden, empfehle ich Ihnen, dass Sie die Kontouren vorritzen.«

If we turn the bolded clause into a main clause, we get:

Die senkrecht darauf stehende z-Achse zeigt aber im Fall der Landfahrzeuge vom Erdmittelpunkt weg, bei Raum-, Luft- und Wasserfahrzeugen dagegen zum Erdmittelpunkt hin.

There are two prepositional objects: vom Erdmittelpunkt and zum Erdmittelpunkt.

The reason for the comma is the usage of "dagegen", which creates an antagonism between the part before and the part after the comma.

A simpler example:

Karl trinkt Bier, Franz dagegen Wein. (Karl is drinking beer, whereas Franz is drinking wine.)