Bioinformatics Asked by snowflake on July 30, 2020
How can I convert a VCF file into a genotype table (SNP matrix)?
I have this format:
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And I need a SNP matrix in this format:
, pos1, pos2, pos3
ID1 0, 1, 0
ID2 1, 1, 0
If you are familiar with plink and python, you can use pandas_plink.
import pandas_plink
snp_info,sample_info,genotypes = pandas_plink.read_plink('genotypes/chr.1')
genotype_mat = genotypes.compute()
genotype_mat is a matrix of genotypes (in 0,1,2) and sample_info has the sample names and snp_info has the SNP positions, ref, alt etc. You need to convert vcf to plink format first. Please make sure ref and alt alleles are extracted as expected.
Correct answer by geek_y on July 30, 2020
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