なぜ-npオプションを付けた状態でhttps://files.example/works/section_aを指定しているにもかかわらず、同階層のディレクトリのファイルがダウンロードされてしまうのでしょうか？

-np は --no-parent ですから、親階層を取得しないという意味ですよね。
同階層は取得対象になります。

またsection_aのファイルのみをダウンロードする方法は存在しますか？

section_b,section_cを取得しているのは-rで再帰取得を指定しているからなので、以下のように-r -l1を付けなければいいのではないでしょうか。

wget -p -E -nH -np -k https://files.example/works/section_a

追記

section_aはファイルかと思っていましたが、ディレクトリなのですね。

https://files.example/works/section_aというURLが有った場合、ベースとなるディレクトリは/works/であり、section_aはファイルだと解釈されます。

section~aがディレクトリだった場合、通常Webサーバはクライアントにディレクトリで有る事を伝える為にhttps://files.example/works/section_a/へリダイレクトするメッセージを返します。
https://files.example/works/section_a/ならばベースディレクトリは/works/section_a/となるので、-npオプションは期待通り働くでしょう。

しかし、wgetでhttps://files.example/works/section_a/を指定すると Not Found となるのですね。
リダイレクト先としてファイルを直接返してきているのかもしれません。

wgetを実行した時に以下のようにリダイレクトのメッセージが出ていませんか?

HTTP request sent, awaiting response... 301 Moved Permanently
Location: https://files.example/works/section_a/index.html [following]

リダイレクト先としてsection_aの中のファイルを返してきていた場合はwgetでそのURLを指定すればいいでしょう。

問題なのはsection_aの外のファイルを返してきていた場合や、リダイレクトされていなかった場合ですね。その場合は以下のように--accept-regexオプションで/works/section_aを指定してみて下さい。

wget -p -E -nH -np -k -r -l1 --accept-regex '/works/section_a' https://files.example/works/section_a

ただし、section_aの下のhtmlを表示するのに必要なファイル(画像等)がsection_aの外側に有った場合は、上記だとそれらのファイルの取得が出来ません。
その場合は以下のように--reject-regexオプションでsection_b等を除外する方がいいかもしれません。

wget -p -E -nH -np -k -r -l1 --reject-regex '/works/section_[b-z]' https://files.example/works/section_a

指定した URL がディレクトリであるなら、末尾に / を付けて 実行してみてください。

参考:
wgetでno-parentが効かない

ところがこれが期待に外れて親の階層までとりにいく。なぜだーとしらべることしばし。
最後に / をつけなきゃダメよとのこと。

# wget --recursive --no-remove-listing --no-parent http://www.example.com/foo/baa/