pandasの2次元配列から、1の値が入っている行、列番号を列挙する方法

numpy.where()を使うと以下の様になります。

import numpy as np
import pandas as pd

df = pd.DataFrame(
  np.array([
    [0, 0, 1],
    [1, 0, 1],
    [4, 0, 1]
  ]), index=[0, 1, 4]
)

dfn = pd.DataFrame(
  [(df.columns[p[1]], df.index[p[0]]) for p in zip(*np.where(df == 1))],
  columns=('x', 'y')
)
dfn.index += 1

print(dfn)

   x  y
1  2  0
2  0  1
3  2  1
4  2  4

2重ループで該当の座標を抽出する方法です。

※質問コメントの通り、ご質問の抽出結果は(index, x, y)=(4, 2, 4)の誤植と想定した回答です。

サンプルコード

import pandas as pd
import numpy as np

df = pd.DataFrame(np.array([[0,0,1],[1,0,1],[4,0,1]]))
df.index = [0, 1, 4]

list = []
for c in df.columns:
    for i in df.index:
        if df.loc[i, c] == 1:
            list.append([c, i])

locs = pd.DataFrame(np.array(list))
locs.columns = ['x', 'y']
print(locs)

出力結果

   x  y
0  0  1
1  2  0
2  2  1
3  2  4

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