Запятая перед И (после двоеточия)

(1)Каждый понимал: (2) был бой и (3) то, что они долетели, — настоящее чудо.

1. Сложное предложение состоит из трех простых. Между предложением (1) и предложениями (2) и (3) бессоюзная связь, одиночный союз И связывает предложения (2) и (3).

Предложение (1) относится к обоим предложениям, связанным союзом И. Если поставить запятую, то связь будет нарушена.

2. Поэтому это классический вариант с однозначным решением по правилу Розенталя: http://old-rozental.ru/punctuatio.php?sid=133#pp133

Перед союзом И запятая не ставится, если части сложносочиненного предложения объединены общим элементом. Общей может быть поясняемая двумя частями сложносочиненного предложения третья часть, предшествующая им и связанная с ними бессоюзной связью: Берегов не видать: их скрыла ночь и оттолкнули куда-то широкие волны разлива (М. Г.);

3. Единственная трудность – определение грамматики предложения (3). Это нестандартный вариант простого предложения. В позиции подлежащего находится сочетание "то, что они долетели", а сказуемым является существительное "чудо".