Dúvidas com Git Merge

Acabei de migrar para o Git vindo do SVN. No meu repositório SVN eu tinha separado as branchs de versões estáveis em clientes. Quando migrei para Git a pasta onde ficavam as branchs no SVN acabaram ficando incorporadas no repositório principal.

A esturtura dentro de cada pasta de versão tem estrutura exatamente igual ao que tem em Developer. Existe alguma forma de eu fazer um merge das alterações que eu faço nas "branchs" das versões com a minha pasta Developer?