Correção de linha de comando R em ggplot2

Question

Utilizei o seguinte código para gerar o gráfico em anexo
ggplot(dados,aes(x = Espécies, y = DNASat, size = Reads, fill=Espécies)) + 
  scale_y_discrete(limits = positions) + 
  geom_point(shape = 21) + 
  theme_bw() + 
  scale_fill_brewer(palette="Pastel1") + 
  scale_size_area(max_size=13)

Nesse código utilizei a função scale_y_discrete(limits = positions) para ordenar o dados no eixo Y como estão no gráfico, porém, como dá para perceber, perdi metade do espaço útil desse gráfico ao fazer isso e não sei o motivo. Alguém sabe como arrumar isso?
Em anexo o dput(dados)
dados <-
structure(list(DNASat = c("CpaSat1A", "CpurSat2A", "CpurSat3Y", 
"CpurSat4A", "CpurSat5Y", "CpurSat6Z", "CpurSat7Y", "CpurSat8B", 
"CpurSat9Z", "CpurSat10Y", "CameSat1A", "CameSat2B", "CameSat3Y", 
"CameSat4Y", "CpaSat1A", "CpurSat2A", "CpurSat3Y", "CpurSat4A", 
"CpurSat5Y", "CpurSat6Z", "CpurSat7Y", "CpurSat8B", "CpurSat9Z", 
"CpurSat10Y", "CameSat1A", "CameSat2B", "CameSat3Y", "CameSat4Y"
), Espécies = c("Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", 
"Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", 
"Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", 
"Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", 
"Cenchrus purpureus", "Cenchrus purpureus", "Cenchrus americanus", 
"Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", 
"Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", 
"Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", 
"Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", "Cenchrus americanus", 
"Cenchrus americanus"), Reads = c(35629, 33216, 31812, 30664, 
7534, 7128, 6395, 1887, 1069, 272, 31857, 1865, 1435, 18, 28201, 
25900, 25967, 25987, 0, 11419, 0, 11879, 0, 0, 26206, 11887, 
336, 220)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -28L))

e dput(positions)
positions <-
c("CameSat4Y", "CameSat3Y", "CameSat2B", "CameSat1A", "CpurSat10Y", 
"CpurSat9Z", "CpurSat8B", "CpurSat7Y", "CpurSat6Z", "CpurSat5Y", 
"CpurSat4A", "CpurSat3Y", "CpurSat2A", "CpaSat1A", "CameSat4Y", 
"CameSat3Y", "CameSat2B", "CameSat1A", "CpurSat10Y", "CpurSat9Z", 
"CpurSat8B", "CpurSat7Y", "CpurSat6Z", "CpurSat5Y", "CpurSat4A", 
"CpurSat3Y", "CpurSat2A", "CpaSat1A")

Rui Barradas · Accepted Answer

O problema está na repetição de valores no vetor positions. Só há 14 valores todos eles repetidos. Então o argumento limits reserva espaço para 14*2 posições no eixo dos y.
Creio que a maneira mais natural é transformar o vetor DNASat em fator com os níveis definidos pela ordem de valores em positions. Mas para isso vou ficar só com os repetidos, porque é a segunda metade de positions que define a ordem pretendida.
library(ggplot2)
library(dplyr)

dados %>%
  mutate(DNASat = factor(DNASat, levels = positions[duplicated(positions)]))%>%
  ggplot(aes(x = Espécies, y = DNASat, size = Reads, fill = Espécies)) +
  geom_point(shape = 21) +
  theme_bw() +
  scale_fill_brewer(palette="Pastel1") +
  scale_size_area(max_size=13)

Correção de linha de comando R em ggplot2

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