Por que se escreve "ciência" e não, "sciência"?

Muito dessas palavras que mudaram, altera a pronúncia "sciência" era falado "chiência" a palavra "director" muda também, era mudo mas o "c" servia para aumentar a vogal, sem o "c" fica "dirêtor" em vez de "dirétor"

Até ao princípio do século XX escrevia-se sciencia. O s foi eliminado (e o acento circunflexo introduzido) com a reforma ortográfica de 1911 em Portugal e o Acordo Ortográfico de 1943 no Brasil. A eliminação do s foi parte da eliminação das consoantes mudas. Do mesmo modo, assumpto passou a assunto, theatro a teatro, etc.

No caso de consciência, nascer, descer, o que se passa é que esses ss não são mudos em Portugal: essas palavras são pronunciadas como conchciência, dechcer, nachcer. Por exemplo, para um português florecer e florescer soam diferentes.

No caso brasileiro, o Formulário Ortigráfico de 1943 diz o seguinte (IV Consoantes Mudas; negrito meu):

Não se escrevem as consoantes que se não proferem: asma, assinatura, ciência, sdiretor, ginásio, inibir, inovação, ofício, ótimo, salmo, e não asthma, assignatura, sciencia, director, gymnasio, inhibir, innovação, officio, optimo, psalmo.
Observação — Escreve-se, porém, o s em palavras como descer, florescer, nascer, etc., e o x em vocábulos como exceto, excerto, etc., apesar de nem sempre se pronunciarem essas consoantes.

O “nem sempre se pronunciarem essas consoantes” indica que por vezes se pronunciavam. Agora, o que eu não sei é se nessa altura quem pronunciava esses ss eram só os portugueses, e o formulário manteve o ss na escrita em atenção às necessidades de Portugal (o formulário brasileiro de 1943 resulta de um acordo entre Portugal e Brasil) ou se também no Brasil havia quem os pronunciasse.